A játékmenet megegyezik a külső nézetes GTA epizódokéval, vagyis van egy alap történetünk. Abban viszont eltér tőlük, hogy itt a történetnek már van befejezése, ahonnan tovább nem játszhatjuk a játékot. 2000-et írunk, a Grand Theft Auto III történései előtt járunk egy évvel, így természetesen a történet kimetele egybevág a 2001-ben játszódó sztorival...

Figyelem: A cikk további része olyan elemeket tartalmazhat, melyek elárulhatnak egyes részleteket a játék sztorivonaláról, így amennyiben nem szeretnéd előre megtudni a kulcsfontosságú fordulatokat, kérjük, ne olvasd el a cikket!

A főhösünk Mike, aki barátjával, Vinnie-vel elutazni készül, hogy elkölthessék a piszkosan megszerzett pénzüket. Vinnie meggondolja magát, és végül rábeszéli Mike-ot, hogy maradjanak Liberty City-ben. A történet céltalanul indul, Vinnie a megbízónk. Portland utolsó küldetésében viszont drága barátunkat megölik, így nyomozni kezdünk. A játék Staunton Islandon folytatódik, ahol a város bandáinak segítünk, így cserébe információkra és társakra találunk. Végül kiderül, hogy Vinnie eljátszotta a saját halálát, hogy megkaparintsa Mike pénzét. Így az utolsó küldetésben ő lesz a célpontunk. Miután lezárjuk az ügyet, a rendőrök üldözni kezdenek, de csak 8-Ballt sikerül elkapniuk (így kerül a GTA3-ban a rabszállító konvojba), mi viszont kiérünk a reptérre, így elmenekülünk a városból.