A GTA3 játékmenete, vagyis hogy a város nagyjainak teljesítünk feladatokat, és már nem csak egyszerűen utcai telefonokon keresztül kapunk megbízásokat a helyi bandák vezéreitől, lehetővé tette egy összetett történet kidolgozását.

Így jóval izgalmasabb a játék, pörögnek az események, érdekesebbnél érdekesebb véletlenek történnek.

Eleinte csak egyszerű küldetésekkel kezdünk, majd fokozatosan jönnek az egyre nehezebb munkák, míg végül elérkezik a bosszú pillanata.

A GTA3 küldetéseinek menetét három szakaszra oszthatjuk fel. Az első rész az, amikor Portland szigetére kerülünk, és az ottani nagykutyáknak teljesítünk feladatokat. A második, amikor befejezik a Callahan Bridge javítását, és elérhetővé válik Staunton Island.  A harmadik pedig amikor a missziók már Shoreside Vale-en (is) játszódnak. A játékban összesen 49 feladaton kell átverekedned magad. A kényelmetlen és hosszú görgetés elkerülésének érdekében a 3 részt külön cikkekben olvashatod az alábbi linkekre kattintva.