Az alábbi cikk a The Ballad of Gay Tony teljes sztoriját és cselekményét írja le, kezdve a történet elejéről egészen a végkifejletig.

SPOILER-VESZÉLY: Mivel a játék sztorijáról van szó, csak akkor olvasd el, ha már végigvitted a játékot, vagy nem jelent gondot, hogy előre megtudod a történéseket!

Luis Fernando Lopez történetét a Bank of Liberty-ben kezdjük, ahol éppen túszul ejtették őt jópár emberrel együtt a Niko Bellic, Patrick McReary, Derrick McReary és Michael Keane által kitervelt rablásban. Egy helyi sportlövő, Eugene Reaper, aki szintén a rablás túsza lett, hirtelen feláll és lelövi Keane-t, cserébe pedig sörétet kap a mellkasába a megriadt McReary testvérektől. A jelenet után már a rablásnál helyszínelő rendőröket láthatjuk, akik Luis-t is faggatják, mint szemtanút. Úton a főnöke, Gay Tony lakása felé belefut az éppen menekülő Niko-ék kocsijába (nem tudván, hogy ők voltak a rablók), és Johnny Klebitz is feltűnik a motorjával.

Rocco Pelosi, az Ancelotti mafia egyik tiszteletbeli tagja, valamint társa, Vince megjelennek később Tony lakásán, hogy a múltkori vissza nem fizetett kölcsönért cserébe begyűjtsék a klubok bevételét. Luisnak és Tonynak ezúttal meg van kötve a keze, és a két klub, a Maisonette 9 és a Hercules sem hoz eleget a házhoz, ezért gyorsan pénzhez kell jutniuk. Hogy megszabaduljanak Rocco-tól, a helyi Triáddal próbálnak üzletet kötni Chinatownban, ám amikor megérkeznek, Billy Grey, a Lost Motorcycle Club motoros banda vezére éppen Johnny-t és Jimet próbálja csőbe húzni az ázsiai bandával. Luis és Tony hoppon maradnak, és elmenekülnek a helyszínről.

Luis később meglátogatja az édesanyját, aki szintén pénzügyi problémákkal küzd. Itt találkozik gyerekkori barátjaival, Henrique Bardas-szal és Armando Torres-szel. A mama nincs kibékülve Luis mostani életmódjával, és szeretné, ha fia elmenne egyetemre a veszélyek hajszolása helyett. Armando és Henrique viszont komolyan benne vannak a kábítószerek kereskedésében, és Luis is kapcsolatba kerül ezzel az alvilági réteggel.

Úgy hozza a sors, hogy főhősünk összefut a dúsgazdag arab építési befektetővel, Yusuf Amirral. Luis jó barátja lesz a félőrült milliárdos, aki többször is kér tőle segítséget néhány egzotikus jármű megszerzésénél (a Buzzard helikopter, az APC tank, sőt még egy metrószerelvény is), kimeríthetetlen birtoklási vágyát így tudja ugyanis csillapítani egy kicsit.

Eközben Tony komolyabban rászokik a drogra, amit a barátja, Evan Moss szerez neki. Később jön a füles, hogy egy titokzatos gyémánt érkezik a városba, ami remek alkalom lenne Tony pénzügyi problémáira, így Luis, Evan és Tony hárman a Platypus hajóhoz sietnek, hogy átvegyék a csempésztől a cuccot. Természetesen ekkora pénzt nem lehet titokban tartani, és a Lost motoros banda is a helyszínre érkezik, hogy meglepjék egy kicsit az üzletet. A lövöldözésben Evan Moss meghal, Luiséknak pedig hajszál híján sikerül megmenekülniük.

Tony megígéri, hogy leszokik a szerről, és bemutatja Luist Mori Kibbutznak, a szteroidmániás Brucie nem kevésbé szteroidmániás bátyjának. Mori az egoizmusát gyakran éli ki öccsén, aki nehezen viseli a lenézést. Néhány triatlonnal és őrült autóversenyekkel Luisnak sikerül lebeszélnie Morit a főnöke adósságának behajtásáról, és Brucie is elégtételt vesz a bátyján egy félrecsúszott pofonnal. Ezzel Luis részéről le is vannak zárva az idióta Kibbutz testvérek.

Tony és Luis találkozik a Maisonette 9-ban Ray Bulgarinnal és társával, Timurral, akik munkát ajánlanak némi pénzért cserébe. Luis kihasználja az alkalmat, és segít a bunkó orosz maffiózónak leszámolni néhány korrupt szövetségi ügynökkel, és még a helyi hokicsapat bizalmát is megszerzi neki. Gracie Ancelotti közben újra rászoktatja Gay Tony-t a kábítószerre, ám később rejtélyes módon elrabolják a lányt. Az Ancelotti család úgy tudja, hogy a gyémánt és Tony az oka a lány elrablásának. Tony megtudja, hogy a Libertonian múzeumban bonyolítják majd le a gyémántüzletet, ezért odaküldi Luist, hogy szerezze vissza a követ. Luis meg is szakítja az üzletet, ami éppen Niko és Johnny között zajlott volna le, és a gyémántot megszerezve elmenekül egy arany színű Buzzarddal.

Bulgarin felhívja főhősünket, hogy fontos üzenet vár rá egy Algonquin-i ház tetején. Luis furcsállja a szokatlan meglepetést, és amikor felmegy a tetőre, a gyémántot csempésző szakács fejét találja levágva egy dobozban. Bulgarin nem szórakozik, közli, hogy a gyémántok az ő tulajdonát képezik, és azonnal adják vissza neki. Luis csapdába esik a tetőkön, egy rakás orosz mesterlövész várta már szeretettel. Szerencsére főhősünk ezúttal is élve megmenekül. Gracie apja, Giovanni Ancelotti később Luis segítségét kéri lánya visszaszerzésében, mégpedig úgy, hogy a lányért cserébe adják oda a gyémántot a rablóknak. A csere azonban ezúttal sem zajlik lövések nélkül, Bulgarin emberei ugyanis megjelennek, hogy szétlőjenek mindenkit, de főleg Packiet és Niko-t. Bulgarin elmenekül a helyszínről, és a nagy káosz közepette a gyémántok egy kukásautó szemetei közé esnek. Luis és Tony viszont megkapták, akit akartak, így Gracie-vel együtt menekülnek el egy hajóval.

Tony kissé mozgalmas mindennapjai miatt elmulasztja kifizetni az adósságát, ezért a város bezárja mindkét klubját. Luis találkozik Roccoval és Vince-szel a Middle Park-i nyilvános WC-ben, akik elmondják neki, hogy meg kell ölnie Tony-t, különben az Ancelottik és az oroszok végeznek mindenkivel. Luis elmegy a Maisonette 9-ba, és megjátssza, hogy valóban lelövi egykori főnökét és barátját, ám az utolsó pillanatban Vince-et lövi fejbe. Rocco kivégzése előtt Tony lebeszéli Luist erről, mondván hogy őt nem lenne jó ötlet lepuffantani, hacsaknem akarják magukra vonni az egész Ancelotti hálózat haragját. Rocco elmenekül, és megérkeznek az oroszok, akik hatalmas tűzharcban rommá lövik az egész klubot, és majdnem Tonyékat is.

Tony neheztel a klubban történtek miatt Luisra, és el akar költözni végleg a városból, ám főhősünk meggyőzi, hogy esze ágában sem volt megölni, illetve ezt az ügyet mostmár együtt kell lezárniuk. Luis elmegy a Firefly Islandre, ahol az orosz mafia heroin üzlete zajlik éppen. Tony addig a Meadows Parkban rejtőzik el a Monoglobe szökőkútnál. A vidámparkban Luis megsemmisíti a heroint és megöli Timurt, aki előtte még elmondja, hogy Bulgarin órákon belül repülővel hagyja el a várost. Hirtelen telefonál a régi jóbarát, Yusuf, aki helikopterével megtisztítja a terepet az üldöző oroszoktól, amíg Luis a reptérre tart Bulgarin gépéhez.

Főhősünknek sikerül az utolsó pillanatban felugrani a gépre, ahol megöli Bulgarin testőreit. Az eszelős orosz gengszter élesített gránáttal a kezében jön elő a pilótafülkéből fenyegetőzve, hogyha Luis megöli, akkor mindketten meghalnak. Luisnak ekkor már amúgy sincs más választása, golyót röpít Bulgarin fejébe, és a gránát kis idő múlva fel is robban, kettészakítva a repülőgépet. Luis sikeresen kiugrik a repülőből egy ejtőernyővel, amivel egészen a Meadows Parkig ereszkedik, hogy találkozzon Tony-val és Yusuffal.

És hogy mi lett a gyémántokkal? Az utolsó jelenetben Luis véletlenül belebotlik egy csövesbe a parkban, aki emiatt elesik. Luis felsegíti őt, elnézést kér, majd továbbáll – csakhogy a csöves valami furcsa tárgyra lesz figyelmes a szemét között...